Το Δημοτικό Λιμενικό Ταμείο Σύρου διαθέτει σχέδιο αντιμετώπισης ρύπανσης για όλους τους λιμένες ευθύνης του καθώς και τον απαραίτητο εξοπλισμό και εκπαιδευμένες εθελοντικές ομάδες για την αντιμετώπιση περιστατικών ρύπανσης.
Συμμετέχει στην υποβολή σε συνεργασία με άλλους φορείς στην ανάπτυξη ολοκληρωμένου δικτύου πράσινου λιμανιού (green ports) στα πλαίσια του προγράμματος indirect.
Επίσης, παρέχει υπηρεσίες καθαρισμού των λιμένων ευθύνης του (Χερσαίων-Θαλάσσιων) από τα στερεά απορρίμματα.
