Το αλιευτικό καταφύγιο του Καρνάγιου βρίσκεται στο δυτικό άκρο της λιμενολεκάνης δίπλα στις εγκαταστάσεις του Νεωρίου.
Στις λιμενικές εγκαταστάσεις του περιλαμβάνονται κρηπιδώματα συνολικού μήκους 450 μ. και τέσσερις παράλληλους προβλήτες μήκους 38 μ., 51 μ. 57 μ. και 50 μ. αντίστοιχα. Τα βάθη εντός της λιμενολέκάνης κυμαίνονται από 2,0 μ. έως 4,0 μ. περίπου.
Το καταφύγιο προσφέρει κατάλληλη προστασία και ασφάλεια στα ελλιμενιζόμενα αλιευτικά σκάφη.
